Układ składa się z głównych bloków: bufor wejściowy, układ czterech przesuwników fazowych, układ sumowania sygnałów (na wyjściu), generator wolnych przebiegów LFO (do sterowania przesuwników fazowych).
Proponuję najpierw sprawdzić poszczególne bloki układu. Tu masz dokładny opis:
http://www.electrosmash.com/mxr-phase90Powinieneś umieć czytać schematy ideowe, bo to najłatwiejszy sposób do uruchamiania i sprawdzania bloków.
Odłącz kanał bezpośredni i sprawdź czy działają przesuwniki fazowe i czy są sterowane przez układ LFO (czy działa generator wolnych przebiegów). To najpierw.
---------------------
Jedna uwaga. Piszesz:
...Gdy zastąpiłem kondensator z prawego dolnego rogu połączonymi szeregowo 22uf i 47uf (wcześniej siedział tam 10uf), to już żadnego śladu modulacji nigdzie nie ma..."
Jak widać ze schematu zamieszczonego w punkcie 6 na podanej przeze mnie stronie kondensator 15 uF służy do kształtowania sygnału piły z sygnału prostokątnego a jego wartość ma wpływ na amplitudę sygnału sterującego przesuwnikami falowymi: im mniejsza wartość tym większy sygnał (wpływa oczywiście również na kształt sygnału).